2017年6月27日火曜日

[受託] NGS (Next Generation Sequencing) 次世代シーケンス 分析サービス

近日、新サービス “EzBioCloud” へ更新予定。お待ちください。 ChunLab社サイトはこちらでございます。
次世代シーケンシング (NGS)、ハイスループット・シーケンシングという、DNAの塩基配列が高速に読み取られる技術がさまざまな分野に応用されております。バイオロジカはChunlab, Inc.によるNGS解析サービスをご提供致します。

-NGS受託解析サービス-


http://chunlab.com/

Chunlab社は次世代シーケンシング (NGS) とバイオインフォマティクス (解析) サービスを一気通貫で提供する会社で、2009年12月にソウル大学校のDr.Jongsik Chunにより設立されました。

Free Trialはこちら。

サービス概要

同社は、バイオインフォマティクスを簡素化し、お客様がNGSデータのハイエンド分析を容易に実行できるように、慎重に選ばれたテストアルゴリズムと生物統計技術を用いて、様々な研究分野（メタゲノミクス、ゲノミクス、トランスクリプトミクス）のための最適化されたバイオインフォマティクス (解析) サービスの提供を開始しました。洗練された視覚化、二次分析および比較分析をお客様が容易に行えるようにする使いやすいソフトウェアツールを設計しました。

One-Stop Solution


サービスの流れの概略
サンプル品質チェック > ライブラリ構築 > NGSシークエンシング > データ分析 > 分析結果

各種研究分野に設計された、一連のソフトウェア

  1. CLcommunity TM for Microbial Community Analysls
  2. CLgenomics TM for Whole Genome Analysys
  3. CLRNASeq TM for Transcriptomics Analysys
  • 高度に視覚化され直感的な使いやすいユーザーインターフェイスと分析ツール
  • スタンドアロンのWindowsおよびMacベースのアプリケーション
  • Linuxやプログラミング言語の専門家は不要
  • 洗練され、出版しやすく視覚化されて提供されるデータ結果
  • Excel、テキスト、FASTAフォーマットへのデータのエクスポート

高度に整理要約された独占参照データ群

  1. EzTaxon
    • Database of 16S rRNA gene sequences of species type strains for valid and invalid names
    • 細菌とアーキアの63,000以上の16S rRNA遺伝子配列
    • 世界中で10,000以上のユーザー
    • 2,600件以上の引用（2015年1月時点）
  2. EzGenome
    • 人の手でキュレーションされた原核生物ゲノムのデータベース
    • 25,000以上の原核生物ゲノム
  3. EzFungi
    • ITS領域を用いた高度にキュレーションされた菌株のデータベース
    • 17,000種以上の菌類
  4. EzRNASeq
    • 同社のソフトウェアCLRNAseqを使用して閲覧および比較すべくフォーマットされた、(SRAに基づく)RNA Seqデータの幅広いデータベース
    • ヒト、マウス、シロイヌナズナ、C. elegans、ショウジョウバエおよび他のモデル生物が含まれる
  5. EzEcology
    • Human Microbiome Projectのデータが含まれる、微生物群のデータベース

生物学者、バイオインフォマティシャン、ソフトウェア技術者と最先端の設備

  • Illumina HiSeq 2500
  • Illumina MiSeq
  • Roche 454 GS-FLX+
  • Roche 454 Junior
  • Pacific Biosciences RS II
  • Ion Torrent PGM
  • Agilent 2100 Bioanalyzer
  • Qubit 2.0 Flourometer
  • Irys Instrument
  • nCounter Analysis System

サービス詳細

  1. Microbiome/Microbial Community Analysis

    • 16S rRNA遺伝子(細菌およびArchaea)およびITS領域(真菌)を使用して、microbiome / microbial community分析のためのフルサービスソリューションを提供
    • サービスには、ライブラリの準備、Roche 454またはIllumina MiSeqによるシーケンシング、包括的なデータ分析、ソフトウェアCLcommunityによる結果の提供が含まれます
    • バイオインフォマティクスのみのサービスも利用可能

    Chunlab's Microbial Community Bioinformatics Pipeline*

    ・Filter low quality sequences・Paired end merge・Trim primers using pairwise alignment and the Hidden Markov Model・Cluster reads for de-noising・Taxonomic assignment using the EzTaxon and EzFungi databases**・Remove chimeric sequences・Calculation of diversity index using various statistical analyses・Creation of CLC format files to be viwed in CLcommunity
    *Above pipeline is for MiSeq generated data. Processlng steps may vary for 454 generated data or change according to client requests and need
    **ChunLab provides superior phylogenetic identification and taxonomic assignment using our own highly curated in-house databases

    CLcommunity TM

    CLcommunityは、特定の微生物群内の種を特定し定量化するために、次世代シークエンシング(NGS)データを視覚化する目的で特別に作成された、最も汎用性が高く、使いやすいソフトウェアパッケージです。
    • 同社の分析パイプラインを通じて生成されたCLC（ChunLab Community）形式のファイルのみを読み取るフリーソフトウェア
    • 同社の分析パイプラインは、任意のプラットフォーム（454、MiSeq、Jon Torrentなど）から生成されたNGSデータを分析できます
    • 最大100のサンプルを同時にブラウズおよび比較する能力があります

  2. Microbial Genome Analysis

    • 微生物ゲノム解析（細菌、アーキア、菌類、ウイルスなど）のフルサービスソリューションを提供
    • サービスには次のものが含まれます：ライブラリーの準備、Illumina MiSeqまたはPacBioによるシーケンシング、データ解析（アセンブリ、アノテーション、ゲノム比較）、使いやすいソフトウェアブラウザであるCLgenomicsによる結果の提供
    • 同社の学術データベース（EzGenome）に存在する細菌ゲノムも、ソフトウェアCLgenomicsで自由に視覚化して解析することができます（詳細はwww.ezbiocloud.netをご覧ください）
    • バイオインフォマティクスのみのサービスも利用可能

    CLgenomics TM Genome Browser

    CLgenomicsは、簡単に微生物ゲノムを検証できるように特別に設計された強力なデスクトップアプリケーションです。

    CLgenomicsの3大機能:
    1. 複数のゲノムブラウザ - 遺伝子の検索、遺伝子機能の探索、COG分布およびその他の詳細な統計(カバレッジ、GC比、ゲノムサイズ、コンティグ（N50）、スキャフォールド、CDSなど)を表示
    2. 分析ツール - 比較ゲノム解析とBLAST検索
    3. データトランスフォーマー - 環状ゲノムマッピング（rRNA、tRNA、CDS、GC比、GCスキュー）などのレポートとグラフを即座に作成。シーケンスデータと統計情報をExcel、Word、FASTA、GenBank形式またはNCBI提出のためのファイルとしてエクスポート
    備考:
    CLgenomicsは、ChunLabバイオインフォマティクスのパイプラインを通じて生成されるCLG（ChunLab Genomics）およびCG（Comparative Genomics）形式のファイルのみを表示できます。

  3. RNA-Seq Analysis

    • RNAシーケンシング分析（細菌、ヒト、マウスなど）のフルサービスソリューションを提供
    • サービスには、ライブラリの準備、Illumina HiSeq 2500のシーケンシング、包括的なデータ解析、使いやすいソフトウェアCLRNASeqによる結果の提供が含まれます
    • バイオインフォマティクスのみのサービスも利用可能

    CLRNASeq TM

    堅牢なCLRNASeqソリューションは、RNA転写産物の発見、プロファイリング、定量化のために開発されました。 各CLRNASeqソフトウェアソリューションは、ユーザーが簡単にmRNAマッピングを参照することができる使いやすさを備えた直感的なインターフェイスを備えています。
    • 同社の解析パイプラインで生成されたCLT（ChunLab transcriptomics）とCLG（ChunLab Genome）形式のファイルのみを読み取るフリーソフトウェア
    • 同社の分析パイプラインは、任意のプラットフォームから生成されたNGSデータを分析できます。
    • 複数のサンプルを同時にブラウズして比較することができます。


http://www.biologica.co.jp/ChunLabNGSservice.htm参考料金等はこちら



関連サービス

  • DNA sequencing & Molecular Biology Service



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2017年6月26日月曜日

cGMPペプチド合成受託

バイオロジカによるcGMP適合ペプチド合成サービスのご案内です。

http://www.csbio.com/

弊社はCS Bio社と提携し、cGMP適合ペプチド合成サービスを提供致します。

CS Bioについて


CSBio社は、ペプチド合成機とペプチド合成サービスの供給に特化し、生命科学の業界に貢献して20年以上になります。
*弊社のペプチド合成サービスの詳細はこちら。

1993年の創業時は自動合成機などを取り扱う会社でしたが、現在では、FDAの検査を受けた、完全なペプチド製造ラボを持ち、カリフォルニア州の医薬品製造のライセンスを保持しております。研究開発向けと、毒性研究や臨床試験向けのcGMPグレードのカスタムペプチドを製造します。設備としては、大小さまざまなスケールに対応する自社製の自動合成機、Varian社製等の分取用・分析用HPLC、Vertis社の凍結乾燥器などを備えております。また、品質管理としては、Agilent社の分析用HPLCシステム、Thermo社の質量分析装置、Perkin Elmer社の元素分析装置やAgilent社のGCなどの機器を備えております。



CS Bioの分析サービス


CSBio社はさまざまな医薬、化学、ペプチド分析のサービスも提供します。
同社の分析ラボは現行のGLP基準を順守し、最先端の分析機器を備えております。


GMPペプチド製造について


CSBio社が最初に取得した医薬品製造のライセンスは2001年、カリフォルニア州はサンカルロスの施設においてでした。2004年には、同じくメンローパークに、最初のGMPペプチド製造に焦点を当てた最先端のペプチド製造施設を開きました。高品質な製品供給のために、同社の施設はカリフォルニア州のライセンスの発行を受けております。このライセンスは食品・医薬品の部門による監査を経て発行され、毎年更新されなければなりません。
もちろん、関連する各種文書の作成もします(Batch Production Records, raw material C of A’s and final QC data)。
お客様のご希望に応じ、ドラッグマスターファイル(DMF)などの書類の提供もします。プロセス開発、スケールアップ製造、分析・プロセスの検証、安定性調査、CMC、DMFやレギュラトリー・サポートも含まれます。

まず一度問い合わせフォームか下記の連絡先へお気軽にお問い合わせください。


http://www.csbio.com/gmp-peptide-manufacturing/

GMPペプチド(既製品)のリスト

GMP peptide production


関連サービス




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2017年6月21日水曜日

人工遺伝子合成 受託サービス

バイオロジカがお届けする、Shanghai Generay Biotech Co., Ltd.による人工遺伝子合成サービスをご案内申し上げます。

GENErayのロゴ

-技術革新により、大幅な時間短縮、低コストを実現-

Generay Biotech社は上海の会社で、コア事業は、遺伝子合成、http://www.biologica.co.jp/peptidecargorevised.htmオリゴ合成、SNPジェノタイピング、分子生物学キット、分子生物学関連サービス、PCR関連製品などです。アメリカ、ヨーロッパ、東南アジアなどと5年以上の協力関係で、高品質でプロフェッショナルなカスタムサービス、そしてアフターサービスで良い製品を提供しております。

遺伝子合成プロセス

Gene Synthesis service -人工遺伝子合成サービス-

  1. 遺伝子合成サービスにおける成熟したグローバルサプライヤー
  2. 生産能力は月に3,000,000塩基対以上
  3. 標準ベクターpGHへのサブクローニングは無料
  4. 信頼できる納期
  5. 充実したアフターサービス

サービス概要


  • コドンの最適化が無料!!
  • Generay社スタンダードベクター [pUC57、pGH、pGE、pBluescript II SK (+)] へのサブクローニングも無料!!
  • その他、ご希望のベクターへのサブクローニングも承ります(お問い合わせ下さい)。
  • 100%の配列保証!!
  • 複雑(合成困難)な配列であると判断した際には、追加料金を頂く場合があります。(合成困難な例：GC含量が少ない(<20%)、GC含量が多い(>70%)、リピート配列 etc詳細は下記)
  • 約4μgの目的遺伝子を挿入したプラスミドDNAを、凍結乾燥状態で提供致します。
  • シークエンスデータ、プラスミドマップ、制限酵素マップも合わせて提供致します。
  • お客様は配列データおよび関連する知的財産に対するすべての権利を保持します。


詳細


  • 価格
    • http://www.biologica.co.jp/CustomGeneSynthesis.htm
    最低料金の設定があります。また、輸入諸経費が別途加算されます。


  • 納期(メーカー出荷ベース)
    • LengthDelivery Time (Working Days)
    ≤1500bp5-7
    1501-3000bp7-15
    3001-5000bp20-25
    5000-8000bp25-35
    ≥8000bpPlease inquire


  • ご注意
    1. 5kb以上は参考とお考え下さい。大量合成はお見積り。
    2. 複雑な配列(後述)は見積もりをご指示ください。
    3. 遺伝子は同社の標準ベクター[pUC57, pGH, pGE, pBluescript II SK (+)]にクローンされます。もし特定のベクターをご希望の場合はご相談ください(追加料金)。
    4. 最適化は無料です。
    5. シングルリード・シーケンシングです。その他をご希望の場合はご相談ください。


  • 納品物
    1. 合成遺伝子を含む約4 μgの凍結乾燥プラスミドDNA
    2. ベクターへクローンされた合成遺伝子配列のシーケンスデータ(合成遺伝子配列は蛍光DNAシーケンシングで塩基毎に確認され、100%一致が保証されます)
    3. 制限酵素消化のゲル電気泳動の画像
    4. 目的遺伝子を含むプラスミドのシーケンスマップ


見積もり・ご注文方法


  1. まず配列をご提示ください。なお、次の情報も合わせてご提示ください;

    2. a. ご希望のクローニングベクター(標準品以外はお問い合わせください)

    b. 5'と3'末端制限酵素の位置

    c. オリジナルの配列から取り除きたい制限酵素の位置

    d. 保持したい制限酵素の位置


  2. コドンの最適化に関して、次の情報をご提示ください;

    3. a. タンパク配列あるいはORF DNA配列

    b. 目的の宿主発現系のラテン名

    c. 両端の制限位置

    d. 最適化配列において避けたい制限位置

    e. オリジナル配列での保持したい制限位置


  3. 複雑な配列について(GC含有量など)ご注意とお願い


    4. ●シーケンス全体でのGC含量は20％以上でなければならなりません。100bp未満のような局所領域では、GC含量は10％未満に低下し得ますが、ヘアピン構造、逆相補リピート領域などの複雑な領域では、非常に低いGC領域が存在してはなりません。
    ●高GCのシーケンスは、最終製品をシーケンスすることが困難なため、低GCのシーケンスの場合とは異なります。したがって、全体でのGC含量は70％、部分領域では80％が限度です。通常75％以上のGC含量は受け付けておりません。
    ●逆相補リピートシーケンス。
    原則的に、最終産物の配列決定ができないため、逆相補的反復配列を有する遺伝子のご注文を受け付けておりません。逆相補的反復配列は、最も困難な配列決定構造です。
    ●ダイレクトリピート（フォワードリピートシーケンス）。
    直接反復配列は100bp以内に20bp未満でなければなりません。
    ●複雑な遺伝子の場合の価格。同社は複雑な遺伝子を合成する豊富な経験を持っていますが、HPLC精製のオリゴや高額な酵素が遺伝子合成中に使用されるため、複雑な遺伝子合成のコストは標準配列よりも高くなります。


情報の取り扱いについて

ご注文情報と遺伝子配列情報は完全に機密に保たれます。必要に応じて、機密保持契約を締結することも可能です。


関連サービス




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2017年6月20日火曜日

[カスタム] ペプチド合成の受託サービス

決まった順番で様々なアミノ酸がアミド結合(ペプチド結合)でつながってできた分子の系統群であるペプチド、そのペプチド合成とは、ご希望通りのアミノ酸配列を持つペプチドを合成する手法のことですが、バイオロジカのペプチド販売は20年を超えて、日本市場で最も長い経歴と多くの実績を上げています。


http://www.biologica.co.jp/peptidesynthesiskaiteiban.htm

biologica [at] biologica.co.jpへお気軽に見積もりをご用命ください!! (配列・量・純度をお伝えください)


我々バイオロジカは、20年以上にわたりアカデミア向けのカスタムペプチド合成サービスを提供してまいりました。バルクのAPIペプチドからペプチドライブラリーやペプチドアレイの調製まで、さまざまなペプチド合成サービスを提供しています。カスタムペプチド合成は、液相および固相Fmoc化学の両方に対応し、大規模な固相ペプチド合成は、長鎖で合成困難な疎水性のペプチドなど、生物学的に活性なペプチドを調製するのに適していますが、液相ペプチド合成はジペプチドのような非常に短いペプチドの合成に用いられます。また、多数のペプチド修飾もご用意しております。


[目次]

  • サービス概要
  • 純度
  • 供給量
  • ご注文方法
  • 一例
  • 品質保証
  • さまざま修飾
  • その他サービス
  • メーカー特長


[サービス概要]


ペプチドは、免疫グレードの純度（>70％、抗体の生成または試験に十分）から、より高い純度（酵素学的および生物学的活性研究および他の用途において必要とされる>95％）まで、ご選択可能です。長さは200アミノ酸程度まで合成可能で、長いペプチドは、組換えペプチド技術によって作製することができます。

お客様の用途に合わせたご提案が可能です。
品質が確保された上で、純度や供給量を選べるのは当然ですが、早さよりもとにかく安くというご要望や、長くて合成が難しいペプチドが欲しいなどのご要望にもお応えできます。

メーカーそれぞれが持つさまざまな強み・特徴により、多様なニーズに対応致します。

  • 純度

    • Crudeや脱塩から>98%HPLCまでご希望の純度で。

    *純度選択の目安
    • Immunological Grade Peptide:>70% pure
    • Biochemistry Grade Peptide: > 80% pure
    • Quantitative Grade Peptide: 90% to 95% pure
    • Commercial Grade Peptide: > 95% pure
    詳細はこちらのメーカーサイトもご覧ください。


  • 供給量

    • 最小1mgから


[ご注文方法]


まずは配列とご希望の純度・供給量をメールでご提示ください。すぐにお見積り致します。概算は下記URLをご参照ください。


  • 一例

    • 10残基N末端ビオチン化、>95%、1-4mgで18,000円～。

    [合成料金等の詳細]
    バイオロジカのペプチド合成

  • 品質保証

    • もれなく、分析証明書、質量分析データ、HPLCデータを添付します。その他オプションもご用意しております。

  • さまざまな修飾

    • 多種多様なペプチド修飾、標識、および他の生体分子へのバイオコンジュゲーションを提供致します。
    • リン酸化
    • シトルリン化
    • スクシニル化
    • アセチル化
    • アミド化
    • PEG化
    • 蛍光色素
    • ビオチン化
    • 安定同位体標識
    • 環状化
    • ステープルペプチド
    • 分枝ペプチド
    • MAPペプチド
    • ペプチド - オリゴヌクレオチドのコンジュゲート
    • ペプチド - キャリアタンパク質のコンジュゲーション => ポリクローナル抗体作製
    • ペプチドのバイオコンジュゲーション
    ペプチド修飾の詳細

  • その他サービス

    • オプションで様々なサービスをご用意しております。
    • 分注
    • アミノ酸分析
    • シークエンシング
    • GMP
    • etc.

  • メーカー特長



      2. GL Biochem社はペプチド合成材料、カスタム合成、抗体http://www.biologica.co.jp/peptidecargorevised.htm(一例)に特化した上海の会社です。1998年設立と、この業界で中国では最古参の1社です。Fmocアミノ酸の生産から自社で行っておりますので、価格競争力の高い合成サービスを提供できます。



      3. Bio-Synthesis - CRO/CMO Life Sciences Company Since 1984

      Bio-Synthesis社は1984年創立の医薬品開発業務・製造受託機関(CRO・CMO)です。豊富な経験で、http://www.biologica.co.jp/peptidecargorevised.htm長鎖・複雑・疎水性などの困難な合成も成功させます。



      4. Cambridge Research Biochemicals社は1980年に設立された世界で二番目に古いペプチド合成メーカーです。 様々な修飾に対応し、特に安定同位体のラベル化ペプチドなどを得意とします。
      http://www.biologica.co.jp/peptidecargorevised.htm目的分子を真核細胞内に搬送するトランススポーターペプチド (ペプチドカーゴ)


    4. http://www.csbio.com/

      5. CS Bio社は米国の会社ですが、事業拡大・コスト削減のために上海での製造を開始。ジスルフィド結合ペプチドなどが得意です。


関連サービス






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