[受託] NGS (Next Generation Sequencing) 次世代シーケンス 分析サービス

近日、新サービス “EzBioCloud” へ更新予定。お待ちください。 ChunLab社サイトはこちらでございます。

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次世代シーケンシング (NGS)、ハイスループット・シーケンシングという、DNAの塩基配列が高速に読み取られる技術がさまざまな分野に応用されております。バイオロジカはChunlab, Inc.によるNGS解析サービスをご提供致します。

-NGS受託解析サービス-

Chunlab社は次世代シーケンシング (NGS) とバイオインフォマティクス (解析) サービスを一気通貫で提供する会社で、2009年12月にソウル大学校のDr.Jongsik Chunにより設立されました。

Free Trialはこちら。

サービス概要

同社は、バイオインフォマティクスを簡素化し、お客様がNGSデータのハイエンド分析を容易に実行できるように、慎重に選ばれたテストアルゴリズムと生物統計技術を用いて、様々な研究分野（メタゲノミクス、ゲノミクス、トランスクリプトミクス）のための最適化されたバイオインフォマティクス (解析) サービスの提供を開始しました。洗練された視覚化、二次分析および比較分析をお客様が容易に行えるようにする使いやすいソフトウェアツールを設計しました。

One-Stop Solution

サンプル品質チェック > ライブラリ構築 > NGSシークエンシング > データ分析 > 分析結果

各種研究分野に設計された、一連のソフトウェア

1. CLcommunity TM for Microbial Community Analysls
2. CLgenomics TM for Whole Genome Analysys
3. CLRNASeq TM for Transcriptomics Analysys

• 高度に視覚化され直感的な使いやすいユーザーインターフェイスと分析ツール
• スタンドアロンのWindowsおよびMacベースのアプリケーション
• Linuxやプログラミング言語の専門家は不要
• 洗練され、出版しやすく視覚化されて提供されるデータ結果
• Excel、テキスト、FASTAフォーマットへのデータのエクスポート

高度に整理要約された独占参照データ群

1. EzTaxon
• Database of 16S rRNA gene sequences of species type strains for valid and invalid names
• 細菌とアーキアの63,000以上の16S rRNA遺伝子配列
• 世界中で10,000以上のユーザー
• 2,600件以上の引用（2015年1月時点）
2. EzGenome
• 人の手でキュレーションされた原核生物ゲノムのデータベース
• 25,000以上の原核生物ゲノム
3. EzFungi
• ITS領域を用いた高度にキュレーションされた菌株のデータベース
• 17,000種以上の菌類
4. EzRNASeq
• 同社のソフトウェアCLRNAseqを使用して閲覧および比較すべくフォーマットされた、(SRAに基づく)RNA Seqデータの幅広いデータベース
• ヒト、マウス、シロイヌナズナ、C. elegans、ショウジョウバエおよび他のモデル生物が含まれる
5. EzEcology
• Human Microbiome Projectのデータが含まれる、微生物群のデータベース

生物学者、バイオインフォマティシャン、ソフトウェア技術者と最先端の設備

• Illumina HiSeq 2500
• Illumina MiSeq
• Roche 454 GS-FLX+
• Roche 454 Junior
• Pacific Biosciences RS II
• Ion Torrent PGM
• Agilent 2100 Bioanalyzer
• Qubit 2.0 Flourometer
• Irys Instrument
• nCounter Analysis System

サービス詳細

1. Microbiome/Microbial Community Analysis

• 16S rRNA遺伝子(細菌およびArchaea)およびITS領域(真菌)を使用して、microbiome / microbial community分析のためのフルサービスソリューションを提供
• サービスには、ライブラリの準備、Roche 454またはIllumina MiSeqによるシーケンシング、包括的なデータ分析、ソフトウェアCLcommunityによる結果の提供が含まれます
• バイオインフォマティクスのみのサービスも利用可能



Chunlab's Microbial Community Bioinformatics Pipeline*

・Filter low quality sequences・Paired end merge・Trim primers using pairwise alignment and the Hidden Markov Model・Cluster reads for de-noising・Taxonomic assignment using the EzTaxon and EzFungi databases**・Remove chimeric sequences・Calculation of diversity index using various statistical analyses・Creation of CLC format files to be viwed in CLcommunity
*Above pipeline is for MiSeq generated data. Processlng steps may vary for 454 generated data or change according to client requests and need
**ChunLab provides superior phylogenetic identification and taxonomic assignment using our own highly curated in-house databases



CLcommunity TM

CLcommunityは、特定の微生物群内の種を特定し定量化するために、次世代シークエンシング(NGS)データを視覚化する目的で特別に作成された、最も汎用性が高く、使いやすいソフトウェアパッケージです。

• 同社の分析パイプラインを通じて生成されたCLC（ChunLab Community）形式のファイルのみを読み取るフリーソフトウェア
• 同社の分析パイプラインは、任意のプラットフォーム（454、MiSeq、Jon Torrentなど）から生成されたNGSデータを分析できます
• 最大100のサンプルを同時にブラウズおよび比較する能力があります



2. Microbial Genome Analysis

• 微生物ゲノム解析（細菌、アーキア、菌類、ウイルスなど）のフルサービスソリューションを提供
• サービスには次のものが含まれます：ライブラリーの準備、Illumina MiSeqまたはPacBioによるシーケンシング、データ解析（アセンブリ、アノテーション、ゲノム比較）、使いやすいソフトウェアブラウザであるCLgenomicsによる結果の提供
• 同社の学術データベース（EzGenome）に存在する細菌ゲノムも、ソフトウェアCLgenomicsで自由に視覚化して解析することができます（詳細はwww.ezbiocloud.netをご覧ください）
• バイオインフォマティクスのみのサービスも利用可能



CLgenomics TM Genome Browser

CLgenomicsは、簡単に微生物ゲノムを検証できるように特別に設計された強力なデスクトップアプリケーションです。

CLgenomicsの3大機能:

1. 複数のゲノムブラウザ - 遺伝子の検索、遺伝子機能の探索、COG分布およびその他の詳細な統計(カバレッジ、GC比、ゲノムサイズ、コンティグ（N50）、スキャフォールド、CDSなど)を表示
2. 分析ツール - 比較ゲノム解析とBLAST検索
3. データトランスフォーマー - 環状ゲノムマッピング（rRNA、tRNA、CDS、GC比、GCスキュー）などのレポートとグラフを即座に作成。シーケンスデータと統計情報をExcel、Word、FASTA、GenBank形式またはNCBI提出のためのファイルとしてエクスポート
備考:
CLgenomicsは、ChunLabバイオインフォマティクスのパイプラインを通じて生成されるCLG（ChunLab Genomics）およびCG（Comparative Genomics）形式のファイルのみを表示できます。



3. RNA-Seq Analysis

• RNAシーケンシング分析（細菌、ヒト、マウスなど）のフルサービスソリューションを提供
• サービスには、ライブラリの準備、Illumina HiSeq 2500のシーケンシング、包括的なデータ解析、使いやすいソフトウェアCLRNASeqによる結果の提供が含まれます
• バイオインフォマティクスのみのサービスも利用可能



CLRNASeq TM

堅牢なCLRNASeqソリューションは、RNA転写産物の発見、プロファイリング、定量化のために開発されました。 各CLRNASeqソフトウェアソリューションは、ユーザーが簡単にmRNAマッピングを参照することができる使いやすさを備えた直感的なインターフェイスを備えています。

• 同社の解析パイプラインで生成されたCLT（ChunLab transcriptomics）とCLG（ChunLab Genome）形式のファイルのみを読み取るフリーソフトウェア
• 同社の分析パイプラインは、任意のプラットフォームから生成されたNGSデータを分析できます。
• 複数のサンプルを同時にブラウズして比較することができます。

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関連サービス

• DNA sequencing & Molecular Biology Service

[お問い合わせ]
メール: biologica [at] biologica.co.jp
電話: 052-262-6732
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